ERP geçişleri sırasında özelleştirme ve uyarlama sorunları, işletmelerin karşılaşabileceği önemli bir konudur. Özellikle işletmelerin özelleştirilmiş iş süreçleri ve özel gereksinimleri varsa, ERP yazılımının uygun hale getirilmesi gerekebilir.